「００９ RE：CYBORG」は押井守に届かなかったラブレター(エキサイトレビュー) - エキサイトニュース

「今回の『００９』はそもそも押井さんが監督して、僕が脚本を書くということが早い段階で決まっていた。なので、最初は押井さんへのリスペクトというか、ラブレターのつもりで書いたわけです」
『アニメスタイル００２』で、『００９ RE:CYBORG』の監督である神山健治はそう語りました。

「今回は「提示された脚本で撮りたくない！」という感情だけで、脊髄反射で全部ひっくり返した。味方をしてくれている高橋さんに対してさえ「そもそも『００９』の企画を自分にもってきたこと自体が間違いである！」と一喝しはじめたわけです（笑）。で、今更００９が普通に出てくる話をやっても意味が無い！と言い放った上で、自分のアイデアを滔々と述べ始めた。ギルモア博士は死んでいて、イワンは犬に脳を移植している。他のメンバーもみんな死んでいて、フランソワーズは５８歳だと」

「俺もラブレターのつもりで書き始めておきながら、結局自分が撮りたい映画の脚本を書いていたんだ、と。それはどうやら押井さんが撮りたいものではなかった。そんなわけで、この場を収めるには、もう俺が降りたほうがいいと思ったんですね。残念だけど、このホンを書き上げたことで俺はとりあえず満足だから、もう押井さんがすきなようにやったほうがいい、と」
「そしたら押井さんが「えっ、なんで降りるんだよ。やってよ！」とか言うわけ。いやいやいや、もう意味分かんねえよ！（笑）」

こちらなどでは脚本についてだけ語られていますが、前にも書いたとおり押井氏はメールマガジンでは、とにかく3Dシェーダーでやることを嫌ったとしていて、それを『009』から降りた主要理由のように上げています。